重庆水生植物在水污染控制中的方式根据其不同的生命形式可分为三类：水下植物系统、应急植物系统和漂浮植物系统。整个污水处理系统的核心是这些水生植物，它们的光合作用将太阳能转化为系统可以使用的能量；这些植物还可以为其他动物和植物的生存创造一个良好的环境。这些大型水生植物和这些动植物一起工作，降解植物中的污染物，因此这种处理系统被称为人工生态处理系统或自然处理系统。
在植物生长过程中，根部会向生长培养基中分泌大量的有机物质，其中含有大量的有机酸、氨基酸和活性酶；根表皮细胞死亡后，在微生物的作用下分解成腐殖质。这些分泌物和腐殖质中存在一系列官能团，如羟基、羧基、酚羟基、烯醇羟基和芳香环结构，对含有各种基团的化合物具有很强的吸附能力。当水流过时，不溶胶体会被根系粘附或吸附，然后水中的污染物会被生化作用降解。
不同重庆水生植物种类的比例将直接影响污水生态系统的成功建立和稳定运行。根据环境条件和水生植物自身条件，进行物种选择和比例匹配，在时间和空间上进行植物排列，充分发挥水生植物物种间的互补匹配，形成光照、营养和空间上的竞争优势，从而使整个生态净化系统能够有效地运行。例如，在一些水污染修复项目中，漂浮植物和应急植物可以作为先锋植物，为水下植物的生长创造条件。
重庆水生植物和藻类在使用光能方面存在竞争。在吸收营养物质的过程中，藻类会减小它们对营养物质的吸收。同时，由于其体型大、生命周期长，水生植物在吸收和储存营养物质方面也具有明显的优势，可以对藻类的生长起到一定的控制作用。水生植物还可以分泌控制藻类生长的物质，破坏藻类的正常生理代谢，控制藻类，甚至迫使藻类死亡，这可以防止藻类带来的毒素污染水体。
